R Markdown 用法
1 Markdown 基本语法
1.1 段落
Markdown中,一个段落由一行或连续的多行组成。段落之间以空行分隔。同一段落内的不同行仅表示空格。
为了在段内换行,可在前行末尾输入两个或两个以上空格。 也可以输入<br>
分行,但是仅对html
和word
格式有效,对pdf
格式无效。
1.2 段内文字格式
- 斜体:星号或下划线包围的内容是强调格式,如
_text_
or*text*
:text。 - 黑体:双星号或双下划线包围的内容是加重格式,如 text,
__text__
or**text**
。 - 下标:两个
~
包夹的内容为下标,如H~2~SO~4~
显示为 H2SO4。 - 上标:两个
^
包夹内容为上标,R^2^
显示为 R2。 - 显示代码:两个反向单撇号内,如
`code`
,显示为:code
1。 - 为了使得某些有特殊意义的字符不作特殊解释, 可以在该字符前面加上反斜杠
\
,取消其特殊含义。比如,要插入普通的星号或下划线,可以使用反斜杠保护\*
, 或者写成段内代码格式`*`
。 - 插入图片:
![图片标题](path/to/image)
,更好的图形插入方式在第??节介绍。 - 脚注:
^[脚注文本]
。例如,这里插入脚注2
1.3 标题和分隔线
- 一级标题: 以井号
#
开头,或在标题下面一行输入多个等号========
; - 二级标题:两个井号
##
开始。 或在标题下面一行输入多个减号--------
; - 标题行前面应该空一行;
- 用三个或三个以上连续的星号组成的行, 可以转换成分隔线;
- 标题不编号:标题后增加
{-}
,如本文最后标题“# 参考文献 {-}
”。
1.4 引用段落
在段落的每行前面加一个大于号>
,表示引用。
凡事只要看得淡些,就没有什么可忧虑的了;只要不因愤怒而夸大事态,就没有什么事情值得生气的了。 ——屠格涅夫
1.5 列表
不编号列表:以 *
、 -
或 +
开头,空两格。下一行再空四个空格可以嵌套,如:
- 第一项
- 第二项
- 第二项的第一项
- 第二项的第二项
结果:
- 第一项
- 第二项
- 第二项的第一项
- 第二项的第二项
带编号列表:
1. 第一项
2. 第二项
3. 第三项
1.6 源程序代码
三个或以上连续的反向单撇号表示代码开头与代码结束,缩进四个空格也可以。
```
这是代码
```
或缩进四个空格:
这是代码
使用栅栏式代码块,可以彩色语法和行号显示等多种选项,如.cpp表示C++,.c表示C,.r表示R,.python表示python等。 选项.numberLines要求该代码行编号, 选项startFrom=指定开始行号。
另外,如果代码内本身含有~
行, 只要使得开头与结尾标志中的~
个数更多就可以了。
~~~{.python .numberLines startFrom=101}
# 计算面积函数
def area(width, height):
return width * height
def print_welcome(name):
print("Welcome", name)
print_welcome("Runoob")
}
~~~
结果:
def area(width, height):
return width * height
def print_welcome(name):
print("Welcome", name)
print_welcome("Runoob")
}
1.7 链接
- 直接链接。
深圳大学的网页地址是: <https://www.szu.edu.cn/>
。
显示为 深圳大学的网页地址是: https://www.szu.edu.cn/。 - 行内式链接。
[显示的文本](链接网址)
,
例如,请参考[RStudio](https://www.rstudio.com)
,
显示为RStudio。
2 数学公式
2.1 Markdown公式
行内公式用两个美元符号,$y=x^2$
显示\(y=x^2\)。
整行公式(display style)可以用如下方法表示:
\[
f(x) = \frac{1}{2} \sum_{i=1}^\infty \int_0^1 \sin^2(i t x) dt,
\]
或者
$$f(x) = \frac{1}{2} \sum_{i=1}^\infty \int_0^1 \sin^2(i t x) dt.$$
,
结果显示为
\[ f(x) = \frac{1}{2} \sum_{i=1}^\infty \int_0^1 \sin^2(i t x)\ \rm{d}t . \]
矩阵和行列式公式
可以通过\begin{array}
和\end{array}
:
$$X=\left(\begin{array}{ccc}
x_{11} & x_{12} & x_{13}\\
x_{21} & x_{22} & x_{23}
\end{array}\right)$$
\[X=\left(\begin{array}{ccc} x_{11} & x_{12} & x_{13}\\ x_{21} & x_{22} & x_{23} \end{array}\right)\]
也可以通过\begin{matrix}
和\end{matrix}
(有b,B,p,P,v,V等多种格式):
$$\begin{matrix}a & b\\\\c &d\end{matrix}$$
\[\begin{matrix}a & b\\\\c &d\end{matrix}\]
$$\begin{pmatrix}a & b\\\\c &d\end{pmatrix}$$
\[\begin{pmatrix}a & b\\\\c &d\end{pmatrix}\]
$$\begin{bmatrix}a & b\\\\c &d\end{bmatrix}$$
\[\begin{bmatrix}a & b\\\\c &d\end{bmatrix}\]
$$\begin{Bmatrix}a & b\\\\c &d\end{Bmatrix}$$
\[\begin{Bmatrix}a & b\\\\c &d\end{Bmatrix}\]
$$\begin{vmatrix}a & b\\\\c &d\end{vmatrix}$$
\[\begin{vmatrix}a & b\\\\c &d\end{vmatrix}\]
$$\left|\begin{matrix}a & b\\\\c &d\end{matrix}\right|$$
\[\left|\begin{matrix}a & b\\\\c &d\end{matrix}\right|\]
$$\begin{Vmatrix}a & b\\\\c &dend{Vmatrix}$$
\[\begin{Vmatrix}a & b\\\\c & d \end{Vmatrix}\]
分段函数:
f(x)=
\begin{cases}
\sin(x) & x>0,\\
0 & x=0,\\
\cos(x) & x<0.
\end{cases}
\[ f(x)= \begin{cases} \sin(x) & x>0,\\ 0 & x=0,\\ \cos(x) & x<0. \end{cases} \]
这样的整行公式输出html格式非常简单,效果也好。但是,如果要输出pdf文档或word文档,并且公式、图表的编号还要交互引用的话,就可能有问题。所以,一般情况下,建议用LaTeX的公式环境。
2.2 LaTeX公式环境
一行整行公式:公式自动居中。
\begin{equation}
y=f(x)
\end{equation}
\[\begin{equation} y=f(x) \end{equation}\]
关于公式编号:输出为html时,公式默认不编号,只有标注了的公式才编号。而输出为pdf时,一般默认为自动编号。
如果想输出的公式不编号,可以用equation*
环境或在该公式后面增加 \nonumber
或 \notag
。其它公式环境类似,如eqnarray*
, gather*
, align*
等。
\begin{equation*}
\frac{d}{dx}\left( \int_{a}^{x} f(u)\,du\right)=f(x)
\end{equation*}
\[\begin{equation*} \frac{d}{dx}\left( \int_{a}^{x} f(u)\,du\right)=f(x) \end{equation*}\]
多行公式: 用eqnarray
,等号对齐用&=&
,换行用 \\
。
\[\begin{eqnarray} y &=& f(x)+c \tag{2.1} \\ z &=& g(y)+sin(x) \end{eqnarray}\]
公式对齐可以用 align
,等号对齐用 &=
;默认情况下,align
环境里每行都会指定一个编号,如果某行不要编号,可用 \notag
。
\begin{align}
g(X_{n}) &= g(\theta)+g'({\tilde{\theta}})(X_{n}-\theta) \notag \\
\sqrt{n}[g(X_{n})-g(\theta)] &= g'\left({\tilde{\theta}}\right)
\sqrt{n}[X_{n}-\theta ] (\#eq:grad)
\end{align}
\[\begin{align} g(X_{n}) &= g(\theta)+g'({\tilde{\theta}})(X_{n}-\theta) \notag \\ \sqrt{n}[g(X_{n})-g(\theta)] &= g'\left({\tilde{\theta}}\right) \sqrt{n}[X_{n}-\theta ] \tag{2.2} \end{align}\]
如果希望多行公式共享一个编号,可用 split
环境:
\begin{equation}
\begin{split}
\mathrm{Var}(\hat{\beta})
& =\mathrm{Var}((X'X)^{-1}X'y)\\
& =(X'X)^{-1}X'\mathrm{Var}(y)X(X'X)^{-1}\\
& =(X'X)^{-1}\sigma^{2}
\end{split} (\#eq:multi-eq)
\end{equation}
\[\begin{equation} \begin{split} \mathrm{Var}(\hat{\beta}) & =\mathrm{Var}((X'X)^{-1}X'y)\\ & =(X'X)^{-1}X'\mathrm{Var}(y)((X'X)^{-1}X')'\\ & =(X'X)^{-1}\sigma^{2} \end{split} \tag{2.3} \end{equation}\]
2.3 参考手册
LaTeX参考手册:https://wch.github.io/latexsheet/latexsheet-a4.pdf
RStudio 的Help还有很多使用手册(Cheatsheets),也可以去下载:https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/。
3 R代码块
3.1 行内R代码
方法是:`r R_CODE`
。
如`r exp(sin(pi/2))`
,
计算结果为\(e^{\sin(\pi/2)}= 2.7182818\)。
3.2 插入R代码块
代码块可以运行代码并输出文本结果、图形和表格,使得R和Markdown方便的放在一起3。
```{r}
```
代码块有丰富的控制选项,可参考 knitr 说明文档 https://yihui.name/knitr/options。
在 RStudio 左上角的Insert
可插入R 代码(也可以是Python、Stan等),或者用快捷键Ctrl + Alt + I
。
3.3 代码块常用选项
eval
: 代码块是否运行。eval=FALSE
代码仅显示而不实际运行。echo
:是否在结果中显示源代码。results
: 用选项results=
选择文本型结果的类型。 取值有:- markup, 这是缺省选项, 会把文本型结果变成HTML的原样文本格式。
- hide, 运行了代码后不显示运行结果。
- hold, 一个代码块所有的代码都显示完, 才显示所有的结果。
- asis, “as-is,” 直接输出源代码文本。knitr包的
kable()
函数可以把数据框转换为HTML表格。
collapse
: 是否把源代码和输出文本放在一个输出文本块。默认是分开的。warning
,message
, anderror
: 是否显示警告、消息和错误信息。include
: 代码块和结果是否包含在输出文档中。当include = FALSE
,但eval = TRUE
,则代码块和结果都不出现在输出文档里,但仍然运行。cache
: 是否缓存。部分修改时,仅运行修改部分。fig.width
: R图形本身的宽度(英寸),如fig.width = 6
。fig.height
: R图形的高度,如fig.height = 4
。fig.asp
: 表示图形的高宽比。out.width
: R图形在生成文档中的宽度。如out.width = '80%'
表示占页面宽度的80%。out.height
: R图形在生成文档中的高度。fig.align
: 图形的对齐方式,可以是'left'
,'center'
, or'right'
。dev
: R图形的装置。常见的有'pdf'
(for LaTeX output)、'png'
(for HTML output)、'svg'
(矢量图格式)、'jpeg'
(压缩格式),本文用'cairo_pdf'
,可以在图形中出现中文。fig.cap
: 图形和表格的标题。child
: 主文件中包含的子文件。
例如:
只显示代码: {r eval=FALSE}
显示代码+编译结果:{r tidy=TRUE,warning=FALSE,message=FALSE}
只要结果,不显示代码、错误提示和报警:{r echo=FALSE,warning=FALSE,message=FALSE}
输出时不显示代码和编译的结果,仅自己在Rmarkdown中调出结果或者用于预览:{r include=FALSE}
4 图形
4.1 插入图片
方式一:Markdown插入。
方法简单,但不能自动编号,而且输出html和pdf时显示结果会不一致。
- 插入网络图片:
![](网址)
- 插入本地图片:
![](images/tline.png)
(子目录images下),显示为:
方式二: R Mardown插入。
用knitr函数 knitr::include_graphics()
插入图形(图4.1)(设置了宽度等于页面的50%,居中)。
knitr::include_graphics('images/run.jpg')
![插入本地图形](images/run.jpg)
Figure 4.1: 插入本地图形
用 include_graphics()
插入图形有如下优点:
- 不必担心文档的输出格式。LaTeX的pdf中插入图形命令是
\includegraphics{}
,在Markdown中插入图形命令是![]()
,它们互相不认。而函数include_graphics()
会自动选择插入方式。 - 无论是插入图形还是由R生成的图形,控制图形属性的指令(
out.width
等)都含义相同。 - 可以对所有图形设置相同的大小比例。如本文设置
out.width = '75%'
。
所以,最好是统一使用Rmd的插图方法。
4.2 R做图
R作图可以指定大小和对齐方式(见图4.2)。
par(mar = c(4, 4, .1, .1))
plot(pressure, pch = 19)
![图形指定大小和位置](https://andrewwang.rbind.io/post/2019-10-10-intr-rmd/index_files/figure-html/pressure-plot-1.png)
Figure 4.2: 图形指定大小和位置
如果一幅图里有多个子图,必须设 fig.show='hold'
,并排图形加起来宽度不能超过文本宽度。如两个子图并排,每个不能超过50%
4。
见图4.3。
par(mar = c(4, 4, .1, .1))
plot(pressure, pch = 19, type = 'b')
plot(cars, pch = 19)
![两个图形并排](https://andrewwang.rbind.io/post/2019-10-10-intr-rmd/index_files/figure-html/multiplot-1.png)
![两个图形并排](https://andrewwang.rbind.io/post/2019-10-10-intr-rmd/index_files/figure-html/multiplot-2.png)
Figure 4.3: 两个图形并排
4.3 一个ggplot2作图的例子
软件包ggplot2
(Wickham et al. 2018)是R中可视化的利器,作者是Hadley Wickham。“gg” 表示 “Grammar of Graphics”的意思,作图理念是分图层,
Plot(图形) = data(数据) + Aesthetics(美学) + Geometry(几何)
包括:
- data 指数据框(data frame)
- Aesthetics标明x和y变量,以及控制图形的颜色、大小、数据点的形状、柱形的高低等美学特征
- Geometry 表示图形的几何形状(直方图、箱线图、密度图等)
- 统计变换(Statistics):对数据进行某种汇总,如直方图,或将二维关系用线性模型解释
- 标度(Scale):将数据的取值映射到图形空间,例如用:颜色、大小、形状表示不同取值
- 坐标系(Coordinate):数据如何映射到图形所在平面,提供作图所需的坐标轴和网格线
- 分面(Facet):将数据分解为子集,进行联合展示
- 图层(Layer):对所需的绘图操作进行一层一层叠加,最终得到所需图形
下面具体介绍一个用ggplot2作图的例子5。
4.3.1 散点图
library(ggplot2)
p <- ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = cty, y = hwy))
p + geom_point()
![ggplot2 with points](https://andrewwang.rbind.io/post/2019-10-10-intr-rmd/index_files/figure-html/points-1.png)
Figure 4.4: ggplot2 with points
第一行指定数据集、映射(坐标轴),第二行表示在p
的基础上加上点,geom
表示的是 geometric object(几何对象)(见图4.4)。
mpg是ggplot2里面的一个关于汽车的数据集。
- cty:city miles per gallon
- hwy:highway miles per gallon
- year:year of manufacture
- displ:engine displacement, in litres
- cyl:number of cylinders
- class:“type” of car
4.3.2 变换颜色
按生产年份以颜色区分,factor(year))
是把年份转化为因子形式(相当于定类变量), 见图 4.5。
p <- ggplot(mpg, aes(x = cty, y = hwy, colour = factor(year)))
p + geom_point()
![ggplot2 with points colors](https://andrewwang.rbind.io/post/2019-10-10-intr-rmd/index_files/figure-html/colors-1.png)
Figure 4.5: ggplot2 with points colors
4.3.3 拟合曲线
再加一行 + stat_smooth()
,其中stat
表示 statistical transformation,做了统计平滑拟合直线,以及置信区间, 见图 4.6。
p + geom_point() + stat_smooth()
![ggplot2 with smooth trends](https://andrewwang.rbind.io/post/2019-10-10-intr-rmd/index_files/figure-html/trends-1.png)
Figure 4.6: ggplot2 with smooth trends
4.3.4 变换大小
上图的数据点明显偏小,可以让这些数据点随着汽车排量的大小而变化, 见图 4.7。
p + geom_point(aes(colour = factor(year), size = displ)) +
stat_smooth() # 排量越大,点越大
![ggplot2 with variable point size](https://andrewwang.rbind.io/post/2019-10-10-intr-rmd/index_files/figure-html/size-1.png)
Figure 4.7: ggplot2 with variable point size
4.3.5 修改透明度
数据点太密集,增加透明度,解决点与点之间的重叠的问题, 见图 4.8。
p + geom_point(aes(colour = factor(year),
size = displ), alpha = 0.5) +
stat_smooth() + scale_size_continuous(range = c(4, 10))
![ggplot2 with transparent points](https://andrewwang.rbind.io/post/2019-10-10-intr-rmd/index_files/figure-html/trans-1.png)
Figure 4.8: ggplot2 with transparent points
alpha=0.5
在aes()
的外面,代表对所有的点都强制透明度为0.5。
4.3.6 图形分层
1999年与2008年数据点全部挤在一块,太拥挤了,应采用分层,见图 4.9。
p + geom_point(aes(colour = class, size = displ), alpha = 0.5) +
stat_smooth() + scale_size_continuous(range = c(4, 10)) +
facet_wrap(~ year, ncol = 1)
![ggplot2 with facets](https://andrewwang.rbind.io/post/2019-10-10-intr-rmd/index_files/figure-html/facet-1.png)
Figure 4.9: ggplot2 with facets
facet_wrap()
是facet
与wrap
两个词组合,表示逐面包起来。~year
表示按变量year
分层,将1999与2008分开。ncol = 1
代表小窗口是1列,指定了1列之后,默认就是两行(因为年份一共只有两种)。如果不加这句,会默认横着排列,或者想要指定几行,则使用nrow = 1
。- 这里颜色指定了
colour = class
,代表不同种类的汽车。 - 添加了
scale_size_continuous(range = c(4, 10))
,指定size
的变化范围。在本图中,就是控制点的绝对大小的范围, 不要太大,也不要太小。
4.3.7 添加中文标注
默认情况下图形是不能出现中文的,要使得中文在图形中正常显示,必须在文档开头的output
下面加上: dev: "cairo_pdf"
,也可以在R代码中加上pdf.options(family="GB1")
。
p + geom_point(aes(colour = class, size = displ), alpha=0.5) +
stat_smooth() + scale_size_continuous(range = c(4, 10)) +
facet_wrap(~ year,ncol = 1) +
labs(y = '每加仑高速公路行驶距离', x = '每加仑城市公路行驶距离',
title = '汽车油耗与型号', size = '排量', colour = '车型') +
theme(text = element_text(family = "STHeiti"),
plot.title = element_text(hjust = 0.5))
![ggplot2中显示中文](https://andrewwang.rbind.io/post/2019-10-10-intr-rmd/index_files/figure-html/zh-1.png)
Figure 4.10: ggplot2中显示中文
图 4.10中,
labs()
修改的是标签的名称。theme()
主题,更偏向于格式的修改。text = element_text(family = "STHeiti")
是对字体进行修改,变为黑体。Windows系统可以不添加这行,一样会显示前面labs()中设定的中文。而如果是Mac或者Linux系统,由于字体的缺失,会显示成一个一个的框框,在图像上显示不了中文字。plot.title = element_text(hjust = 0.5)
调整标题的位置,不加这行,标题会居左,加上才会居中。hjust = 0.5
其实就是左右移动的意思,0.5表示居中。
5 表格
5.1 用R Markdown函数kable()
制作表格
用法:knitr::kable()
这是R Markdown显示表格最方便的方式,可以把数据框或模型结果转化成有格式的表格, 支持HTML、docx、LaTeX等格式,并且表格有标题选项,可以自动编号和交互引用,例如表5.1。
knitr::kable(
head(mtcars[, 1:8], 10), booktabs = TRUE,
caption = 'mtcars数据的前10行'
)
mpg | cyl | disp | hp | drat | wt | qsec | vs | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mazda RX4 | 21.0 | 6 | 160.0 | 110 | 3.90 | 2.620 | 16.46 | 0 |
Mazda RX4 Wag | 21.0 | 6 | 160.0 | 110 | 3.90 | 2.875 | 17.02 | 0 |
Datsun 710 | 22.8 | 4 | 108.0 | 93 | 3.85 | 2.320 | 18.61 | 1 |
Hornet 4 Drive | 21.4 | 6 | 258.0 | 110 | 3.08 | 3.215 | 19.44 | 1 |
Hornet Sportabout | 18.7 | 8 | 360.0 | 175 | 3.15 | 3.440 | 17.02 | 0 |
Valiant | 18.1 | 6 | 225.0 | 105 | 2.76 | 3.460 | 20.22 | 1 |
Duster 360 | 14.3 | 8 | 360.0 | 245 | 3.21 | 3.570 | 15.84 | 0 |
Merc 240D | 24.4 | 4 | 146.7 | 62 | 3.69 | 3.190 | 20.00 | 1 |
Merc 230 | 22.8 | 4 | 140.8 | 95 | 3.92 | 3.150 | 22.90 | 1 |
Merc 280 | 19.2 | 6 | 167.6 | 123 | 3.92 | 3.440 | 18.30 | 1 |
回归模型的回归系数用表格显示(表5.2):
x <- rnorm(100, mean=100, sd=10)
y <- 2*x + 3*rnorm(100)
out <- lm(y~x)
cofs <- summary(out)$coefficients
knitr::kable(cofs, booktabs = TRUE, caption = '回归系数及显著性检验结果')
Estimate | Std. Error | t value | Pr(>|t|) | |
---|---|---|---|---|
(Intercept) | 0.5689172 | 3.0662516 | 0.1855416 | 0.8531878 |
x | 1.9980722 | 0.0304439 | 65.6312709 | 0.0000000 |
在LaTeX的pdf中,表格和图形经常会浮动位置。如果不希望表格浮动(因此表格允许跨页),可以用LaTeX软件包longtable。 当然,在html网页中不会出现这种情况,因为网页是不分页的。
用法:在 kable()
中指定longtable = TRUE
。如
```{r longtable, tidy=FALSE}
knitr::kable(
iris[1:10, ], longtable = TRUE, booktabs = TRUE,
caption = '用longtable包生成的一个表格'
)
```
5.2 用R软件包xtable和stargazer制作表格
R扩展包xtable 提供了一个xtable()函数, 可以用来生成HTML格式和LaTeX格式的表格, 但是需要指定输出格式(latex, html或text),不像kable可以同时输出多种格式。如果输出pdf,需在代码块选项中选择results="asis"
,并且预先加载软件包library(xtable)
。
这是原始输出结果:
library("datasets")
states <- as.data.frame(state.x77[, c("Murder", "Population", "Illiteracy", "Income", "Frost")])
fit<-lm(Murder~.,data = states)
summary(fit)
##
## Call:
## lm(formula = Murder ~ ., data = states)
##
## Residuals:
## Min 1Q Median 3Q Max
## -4.7960 -1.6495 -0.0811 1.4815 7.6210
##
## Coefficients:
## Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
## (Intercept) 1.235e+00 3.866e+00 0.319 0.7510
## Population 2.237e-04 9.052e-05 2.471 0.0173 *
## Illiteracy 4.143e+00 8.744e-01 4.738 2.19e-05 ***
## Income 6.442e-05 6.837e-04 0.094 0.9253
## Frost 5.813e-04 1.005e-02 0.058 0.9541
## ---
## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
##
## Residual standard error: 2.535 on 45 degrees of freedom
## Multiple R-squared: 0.567, Adjusted R-squared: 0.5285
## F-statistic: 14.73 on 4 and 45 DF, p-value: 9.133e-08
xtable不仅对数据框,还可以对许多统计模型的结果输出表格,包括回归模型、方差分析、主成分分析等。
如下是 xtable的输出结果:
library(xtable)
print(xtable(summary(fit)),type='html')
Estimate | Std. Error | t value | Pr(>|t|) | |
---|---|---|---|---|
(Intercept) | 1.2346 | 3.8661 | 0.32 | 0.7510 |
Population | 0.0002 | 0.0001 | 2.47 | 0.0173 |
Illiteracy | 4.1428 | 0.8744 | 4.74 | 0.0000 |
Income | 0.0001 | 0.0007 | 0.09 | 0.9253 |
Frost | 0.0006 | 0.0101 | 0.06 | 0.9541 |
还有一个软件包stargazer与xtable类似。
library("stargazer")
stargazer(fit,title="Regression Results",type = "html")
Dependent variable: | |
Murder | |
Population | 0.0002** |
(0.0001) | |
Illiteracy | 4.143*** |
(0.874) | |
Income | 0.0001 |
(0.001) | |
Frost | 0.001 |
(0.010) | |
Constant | 1.235 |
(3.866) | |
Observations | 50 |
R2 | 0.567 |
Adjusted R2 | 0.528 |
Residual Std. Error | 2.535 (df = 45) |
F Statistic | 14.729*** (df = 4; 45) |
Note: | p<0.1; p<0.05; p<0.01 |
5.3 Markdown表格
Markdown表格由简单文本表示,转化为HTML、docx等格式后就变成了富文本的表格。Markdown表格默认是不编号的,不能交互引用。为了使得其可交互引用,需要在表标题的 Table:
处加上引用标志,如 (\#tab:label)
。
5.3.1 管道表
管道表在两列之间用竖线分开, 在列标题下面用减号画横线, 用如下方法指定各对齐方式:
- 在列标题下的横线开始加冒号,表示左对齐;
- 在列标题下的横线末尾加冒号,表示右对齐;
- 在列标题下的横线两端加冒号,表示居中对齐;
- 列标题下面仅有横线没有冒号,表示缺省对齐方式,一般是左对齐。
这种方法不需要输入内容上下对齐,适用于中文内容(表5.3)。
| 姓名 | 收入 | 职业 | 颜色偏好 |
|:-------|-----------:|:----------------:|-----------|
| 赵四海 | 123456 | 业务经理 | 红 |
| 刘英 | 50 | 无 | 蓝 |
| 钱德里 | 3200 | 保洁 | 灰 |
姓名 | 收入 | 职业 | 颜色偏好 |
---|---|---|---|
赵四海 | 123456 | 业务经理 | 红 |
刘英 | 50 | 无 | 蓝 |
钱德里 | 3200 | 保洁 | 灰 |
5.3.2 简单表
简单表的格式是, 第一行是各列标题, 第二行是各标题下面用减号组成的表格线, 同一行的不同列要用空格分开, 从第三行开始是内容。
在表格前或表格后用空行隔开的以Table:开头的行是表格说明或标题。
为了确定表格每列单元格内容如何对齐, 用列标题下的表格线给出提示:
- 表格线与列标题右对齐,表示该列右对齐;
- 表格线与列标题左对齐,表示该列左对齐;
- 列标题在表格线中间,表示该列居中对齐;
- 列标题左右都与表格线对齐,表示该列为缺省对齐方式,一般是左对齐。
- 一定要使用一个等宽字体来编辑这样的表格,否则对齐与否无法准确分辨。
- 单元格内容不能超出表格线左端。
经过试验发现, 英文没问题,中文内容很难按这种方法对齐(表5.4)。
Sepal.Length | Sepal.Width | Petal.Length | Petal.Width |
---|---|---|---|
5.1 | 3.5 | 1.4 | 0.2 |
4.9 | 3.0 | 1.4 | 0.2 |
4.7 | 3.2 | 1.3 | 0.2 |
4.6 | 3.1 | 1.5 | 0.2 |
5.0 | 3.6 | 1.4 | 0.2 |
5.4 | 3.9 | 1.7 | 0.4 |
5.3.3 换行表
换行表在输入列标题和单元格内容时, 允许输入内容拆分行,但是编译后并不拆分行。 这样的表以一行减号开始,以一行减号结束, 中间的表格用空行分开实际的不同行。 例如(表5.5):
Name of Subject | Income | Job | color |
---|---|---|---|
Jane Ayer | 123456 | Research Assistant | red |
John Tukey | 50 | N/A | blue |
William Tale | 3200 | Cleaner | blue |
换行表输入时各列的输入宽度是有作用的,输入较宽的列结果也较宽。
5.3.4 有格表
完全用减号、竖线、等于号、加号画出表格线。 这样的表在文本格式下呈现出很好的表格形状。 编译后不能指定对齐方式(表5.6)。
水果 | 价格 | 优点 |
---|---|---|
Bananas | $1.34 |
|
Oranges | $2.10 |
|
6 交叉引用
R Markdown没有交叉引用(cross-reference)功能,但是bookdown可以。
交叉引用包括数学公式、定理、图形、表格和章节的标记和引用。
6.1 数学公式
要给公式编号,先要建立公式环境。如果公式环境是 $$...$$
,那么输出html完全没问题,但是pdf和word都表现不佳。所以,如果要输出pdf格式,最好统一建立LaTeX公式环境,即 \begin{equation}...\end{equation}
等。
然后标记 (\#eq:label)
, 例如
\begin{equation}
f\left(k\right) = \binom{n}{k} p^k\left(1-p\right)^{n-k}
(\#eq:binom)
\end{equation}
结果如下:
\[\begin{equation} f\left(k\right)=\binom{n}{k}p^k\left(1-p\right)^{n-k} \tag{6.1} \end{equation}\]
引用方法是\@ref(eq:binom)
,如,参看公式 (6.1)。
6.2 定理
用下面形式创建一个定理环境:
```{theorem,label="mylabel",name="定理名"}
这是黎曼猜想。
```
一个定理的例子:
```{theorem, label="pyth", name="勾股定理"}
对于直角三角形,设$c$表示斜边的长度,$a$和$b$分别表示两条直角边的长度,则
$$a^2 + b^2 = c^2$$
```
结果如下:
引用用法:在需要引用处插入\@ref(thm:label)
。 比如,定理6.1是个著名的定理。
定义、推论、命题、公里、假设等类似。
注意,如果 echo
设置为FALSE
,定理编号失效。
特征函数是个极为重要的函数,见定义6.1。
Lemma 6.1 For any two random variables \(X_1\), \(X_2\), they both have the same probability distribution if and only if
\[\varphi _{X_1}(t)=\varphi _{X_2}(t)\]This is the characteristic function of a Poisson random variable with the parameter \(\lambda=\sum_{i=1}^n \lambda_i\). From Lemma 6.1, we know the distribution of \(P_n\) is \(\mathrm{Pois}(\sum_{i=1}^n\lambda_i)\).
6.3 交互引用方式列表
对不同类型环境的交叉引用,大同小异,唯有对章节的引用区别较大。 归纳为下表。
类型 | 标记 | 引用 |
---|---|---|
公式 | (\#eq:label) | \@ref(eq:label) |
图形 | (\#fig:label) | \@ref(fig:label) |
表格 | (\#tab:label) | \@ref(tab:label) |
定理 | (\#thm:label) | \@ref(thm:label) |
章节 | {#label} | \@ref(label) |
7 文献引用
学术论文一般做法是,把所有文献以 BibTeX 格式保存为一个.bib
文件,然后在论文中随时插入引用。
参考文献在正文中的插入非常简单,只要在要引用的地方使用[@reference key]
,就能实现引用。 如果同一个地方要引用多个文献,则是[@reference key1; @reference key2]
。 在bib文档中,如@Manual{R-ggplot2
,其中的R-ggplot2
就是reference key,复制粘贴到[@]里面即可。
引用方式:
一般引用有两种方式,一种是作者-年格式,另一种是数字格式。当然,一篇文章内要统一用一种格式。
作者-年格式(apalike样式):@key
表示作者姓名(年份),而 [@key]
则表示(作者 年份)。
数字编号格式(chinese-gb7714-1987-numeric.csl样式):@key
表示[序号],[@key]
则表示[序号]为上标。
其它格式:@key
表示[序号],[@key]
表示上标[序号],网页[序号]上标<sup>[@key]</sup>
。
示例:@R-rmarkdown
结果显示 Allaire et al. (2018); [@R-rmarkdown;@xie2015;@R-ggplot2]
结果显示(Allaire et al. 2018; Xie 2015; Wickham et al. 2018)。
如何产生Bibtex文献格式?
一般用文献管理软件(如Zotero、Endnote等)把参考文献转为
.bib
文件。可以在知网、谷歌学术、百度学术等网站查找文献,产生Bibtex引用格式。
一些常用软件包也可以用knitr 的函数
write_bib()
产生。 下面代码产生knitr、bookdown、tidyverse和ggplot2的bibtex格式文献。
# the second argument can be a .bib file
knitr::write_bib(c('knitr','bookdown','ggplot2'),
'bib/mypackages.bib', width = 60)
文献引用要在R Markdown文档的开头的yaml部分指定文献文档名(.bib文件)和引用风格(biblio-style)。
---
bibliography: ["one.bib", "another.bib", "yet-another.bib"]
biblio-style: "apalike"
link-citations: true
---
参考文献
要把反向单撇号作为一般字符(而不是代码表示符),可以在外围用比它多的反向单撇号表示,如
`` `code` ``
。↩︎所谓“脚注”,就是在页脚对某些文字的注释。↩︎
为了显示在R Markdown中实际输入的代码块(包括首尾标志), 需要将代码段整体地缩进4个空格,并在三个反单撇号前面加上
`r ''`
, 即生成一个空字符串的行内R代码。↩︎因为word不允许多子图,所以本文无法输出word格式。如果word确实需要多个子图,可以先保存到本地,然后再插入。↩︎
这个例子来自 https://blog.csdn.net/weixin_41929524/article/details/79765882。↩︎